灵岩山寺相传系东晋末年，司空陆玩捐宅第改建而成。于梁武帝天监年间（502--519），将之扩充为秀峰寺。据传为大哀经（竺法护译）中所述之智积菩萨应化之道场。唐玄宗天宝年间（742--755），天台宗中兴之祖道遵曾在此地修法华三昧。宋初，一度为律宗寺院，元丰年间（1078--1085）改为禅院。南宋绍兴年间(1131--1162)，因赐抗金英雄韩世忠荐先福名，敕改寺名为“显亲崇报禅寺”。明洪武初年，又改名“报国永祚禅寺”。

   永乐十年(1412)重修，弘治年间毁于火。清顺治六年(1649)重修，咸丰十年(1860)，由于太平天国之兵火，寺内建筑，除九层塔外，大半焚毁。民国时期修复。大雄宝殿后有藏经楼，内存经书47000多册，其中1706卷《元普宁藏》为海内孤本，原属康有为藏书；有血经一部，80卷。1966年8月，印光塔院和大量佛像遭毁；念佛堂一度改为泥塑“收租院”。山巅多宝佛塔，俗称灵岩塔，又名永祚塔，7层，高33．4米。始建于梁天监二年，五代吴越时重建，1989年修复，为省级文物保护单位。寺内有建于清顺治六年（1649）的法华钟楼，钟楼内原有清康熙十二年（1673）所铸铜钟，重一万多斤。咸丰十年被毁，光绪十八年（1892）重铸。1967年又毁，后从吴江接待寺移来清康熙六年所铸铜钟。
   灵岩山寺相传系东晋末年，司空陆玩捐宅第改建而成。于梁武帝天监年间（502--519），将之扩充为秀峰寺。据传为大哀经（竺法护译）中所述之智积菩萨应化之道场。唐玄宗天宝年间（742--755），天台宗中兴之祖道遵曾在此地修法华三昧。宋初，一度为律宗寺院，元丰年间（1078--1085）改为禅院。南宋绍兴年间(1131--1162)，因赐抗金英雄韩世忠荐先福名，敕改寺名为“显亲崇报禅寺”。明洪武初年，又改名“报国永祚禅寺”。

   永乐十年(1412)重修，弘治年间毁于火。清顺治六年(1649)重修，咸丰十年(1860)，由于太平天国之兵火，寺内建筑，除九层塔外，大半焚毁。民国时期修复。大雄宝殿后有藏经楼，内存经书47000多册，其中1706卷《元普宁藏》为海内孤本，原属康有为藏书；有血经一部，80卷。1966年8月，印光塔院和大量佛像遭毁；念佛堂一度改为泥塑“收租院”。山巅多宝佛塔，俗称灵岩塔，又名永祚塔，7层，高33．4米。始建于梁天监二年，五代吴越时重建，1989年修复，为省级文物保护单位。寺内有建于清顺治六年（1649）的法华钟楼，钟楼内原有清康熙十二年（1673）所铸铜钟，重一万多斤。咸丰十年被毁，光绪十八年（1892）重铸。1967年又毁，后从吴江接待寺移来清康熙六年所铸铜钟。
   民国二十年（1931）中日战争后，莲宗十三祖印光大师常住于本寺，更于二十六年冬定居于此，远近缁素一时蔚集。印光大师将寺院改为十方净土道场，名崇报寺，后又易名灵岩山寺。
   印光大师参照百丈清规以来各类丛林规约，制定灵岩山寺共住规约、念佛堂规约、僧值规约等各项修行念佛之严格规定，而使本寺成为我国第一座严禁讲经、传戒、传法、收徒、经忏等事，而专修称名念佛之净业丛林。

   民国二十九年，印光法师示寂于此，荼毗后得五色舍利，奉置寺中。
寺内主要建筑有山门、天王殿、大雄宝殿、念佛堂、藏经阁、灵岩寺塔、智积殿、钟楼、香光厅、“印公塔院”等。

   其中，灵岩寺塔位于大雄宝殿东侧，别名多宝佛塔，始建于南朝梁代，五代吴越、南宋•绍兴十七年（1147）两次重修。

   塔九级八面，木构腰檐及塔刹于明•万历二十八年（1600）被雷火焚毁，仅存砖砌塔身。今佛塔凌空高耸，与三重飞檐之钟楼相呼应，成为灵岩山之突出标志。