慈云禅寺，原名慈云庵，始建于明万历二十年（公元1592年），清初为清江浦（今淮安市区）六大古寺中规模最大、香火最盛的一座寺院，雍正年间奉旨更名为慈云寺，为中国佛教大丛林之一。

   据史记载，清康熙十四年（公元1675年），对顺治皇帝一生有重要影响的佛学老师—玉琳国师，南下云游挂单慈云庵，是年八月十日于慈云庵圆寂。此后（1733年），雍正皇帝下诏寻访，得知玉琳国师的裔钵安葬在慈云庵，遂于雍正十三年（公元1735年），以慈云庵系玉琳国师圆寂之所，诏拨淮关银照大丛林式兴建，置香火地，命内务大臣、淮关监督年希尧监建此寺，钦赐《慈云禅寺》匾额，改庵为寺。
   乾隆四年（公元1739年），慈云禅寺扩建完工，历时四年多。乾隆四十五年（公元1780年），乾隆皇帝南巡，曾到寺内瞻礼，钦赐《慧照常园》匾额悬于大雄宝殿之上。并留下《慈云寺瞻礼》的诗文，诗云：“招提久建运河濆，题额依然印圣文。为阐宗风期悟徹，重临南国致瞻勤。几番掖辇明如幻，一响登云忽不欣。已是拊膺思昔日，那堪翘首望慈云。”乾隆四十九年（公元1784年），乾隆皇帝再次南巡，复来慈云寺瞻礼，钦赐“绿丝红梅犹假色，行云流水是真诠”的联句。这种荣耀，为一般寺庙所不见。